CacSFMs: Cytric Acid Cycle Binding Structural & Functional Motifs

CacSFMs: Citric Acid Cycle Binding Structural & Functional Motifs - v. β May 2016.
© University Dr Tahar Moulay, Saida.

Project realized by:Abdalla Salem and Mubarka Khatir (in their project of MSc in Biology, 2015-2016)

Proposed & supervised by: Dr. Abdelkrim Rachedi, e-mail: rachedi@bioinformaticstools.org

Reference: SALEM Abdellahi, RACHEDI Abdelkrim. STRUCTURAL/FUNCTIONAL MOTIFS IN THE ENZYMES OF THE KREBS CYCLE, 1ER SEMINAIRE DE BIOINFORMATIQUE, April 04-06, 2017, Blida, Algeria.

Citric Acid Cycle Binding Structural & Functional Motifs
- CacSFMs database-

Find CAC SFMs by Enzymes

CITRATE SYNTHASE
ACONITASE
ISOCITRATE DEHYDROGENASE
ALPHA-KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE
SUCCINYL-COA-SYNTHETASE
SUCCINIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE
DELTA (1)-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
SUCCINATE DEHYDROGENASE
SUCCINYLGLUTAMIC SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE
FUMARASE
MALATE DEHYDROGENASE TYPE 2

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CIT FLC SDX TRA ATH ICT AKG SCA SIN FUM MLT

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There are 3 SFM Motifs:

PDB Entry

Title

Determination Method

Resolution

R-Factor

Malate Dehydrogenase Type 2

X-RAY

1.90

0.158

Motif No. / Chain

Mode

Bound Ligand
/(Nbr. in PDB)

Show Details

1 / D

> Structure: LHLHLLH +2w
> Sequence: RRNRHGSA

MLT
/(3101)

> Graphics rep1:

> Graphics rep2:

> Graphics rep3:

Protein Chain	Prot SSE	Res Nbr	Res Name	RsAt.Name	LgAt.Name	Lg Chain	Lg Nbr	Bnd Len	Bnd Type
D	No SSE	86	ARG	CB	O5	D	3101	3.7	van der Waals
D	No SSE	86	ARG	CG	O5	D	3101	3.54	van der Waals
D	No SSE	86	ARG	CD	O5	D	3101	3.77	van der Waals
D	No SSE	86	ARG	NE	C4	D	3101	3.64	H.Bond
D	No SSE	86	ARG	NE	O4	D	3101	3.59	H.Bond
D	No SSE	86	ARG	NE	O5	D	3101	2.85	H.Bond
D	No SSE	86	ARG	CZ	O4	D	3101	3.61	van der Waals
D	No SSE	86	ARG	CZ	O5	D	3101	3.65	van der Waals
D	No SSE	86	ARG	NH1	C4	D	3101	3.55	H.Bond
D	No SSE	86	ARG	NH1	O4	D	3101	2.74	H.Bond
D	No SSE	86	ARG	NH1	O5	D	3101	3.55	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	CD	O3	D	3101	3.87	van der Waals
D	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O3	D	3101	2.89	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O4	D	3101	3.78	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O1	D	3101	3.92	van der Waals
D	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O3	D	3101	3.6	van der Waals
D	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O4	D	3101	3.69	van der Waals
D	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	C1	D	3101	3.61	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O1	D	3101	2.86	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O3	D	3101	3.41	H.Bond
D	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O4	D	3101	3.21	H.Bond
D	No SSE	124	ASN	CG	O3	D	3101	3.82	van der Waals
D	No SSE	124	ASN	ND2	C2	D	3101	3.58	H.Bond
D	No SSE	124	ASN	ND2	O3	D	3101	2.81	H.Bond
D	No SSE	124	ASN	ND2	C3	D	3101	3.65	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O1	D	3101	3.76	van der Waals
D	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O2	D	3101	3.67	van der Waals
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	C1	D	3101	3.6	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O1	D	3101	2.9	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O2	D	3101	3.59	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	C1	D	3101	3.7	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O1	D	3101	3.74	H.Bond
D	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O2	D	3101	2.9	H.Bond
D	No SSE	182	HIS	CD2	O3	D	3101	3.48	van der Waals
D	No SSE	182	HIS	CE1	O1	D	3101	3.57	van der Waals
D	No SSE	182	HIS	CE1	O3	D	3101	3.7	van der Waals
D	No SSE	182	HIS	NE2	C1	D	3101	3.96	H.Bond
D	No SSE	182	HIS	NE2	O1	D	3101	3.47	H.Bond
D	No SSE	182	HIS	NE2	C2	D	3101	3.62	H.Bond
D	No SSE	182	HIS	NE2	O3	D	3101	2.68	H.Bond
D	201-224 H: 1	216	GLY	CA	C1	D	3101	3.68	van der Waals
D	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O1	D	3101	3.5	van der Waals
D	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O2	D	3101	3.3	van der Waals
D	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O4	D	3101	3.43	van der Waals
D	201-224 H: 1	216	GLY	C	O4	D	3101	3.51	van der Waals
D	201-224 H: 1	216	GLY	O	O4	D	3101	3.66	H.Bond
D	No SSE	228	SER	CB	C3	D	3101	3.99	van der Waals
D	No SSE	228	SER	CB	O5	D	3101	3.96	van der Waals
D	No SSE	228	SER	OG	C3	D	3101	3.96	van der Waals
D	No SSE	229	ALA	CB	O2	D	3101	3.79	van der Waals
D	Water	3399	HOH	O	O5	D	3101	2.52	H.Bond
D	Water	3400	HOH	O	O2	D	3101	2.56	H.Bond

2 / B

> Structure: LHLHLLH +2w
> Sequence: RRNRHGSA

MLT
/(3102)

> Graphics rep1:

> Graphics rep2:

> Graphics rep3:

Protein Chain	Prot SSE	Res Nbr	Res Name	RsAt.Name	LgAt.Name	Lg Chain	Lg Nbr	Bnd Len	Bnd Type
B	No SSE	86	ARG	CB	O5	B	3102	3.82	van der Waals
B	No SSE	86	ARG	CG	O5	B	3102	3.41	van der Waals
B	No SSE	86	ARG	CD	O5	B	3102	3.64	van der Waals
B	No SSE	86	ARG	NE	C4	B	3102	3.6	H.Bond
B	No SSE	86	ARG	NE	O4	B	3102	3.56	H.Bond
B	No SSE	86	ARG	NE	O5	B	3102	2.82	H.Bond
B	No SSE	86	ARG	CZ	O4	B	3102	3.64	van der Waals
B	No SSE	86	ARG	CZ	O5	B	3102	3.69	van der Waals
B	No SSE	86	ARG	NH2	C4	B	3102	3.67	H.Bond
B	No SSE	86	ARG	NH2	O4	B	3102	2.84	H.Bond
B	No SSE	86	ARG	NH2	O5	B	3102	3.68	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	CD	O3	B	3102	3.76	van der Waals
B	91-94 H: 5	92	ARG	NE	C2	B	3102	3.92	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O3	B	3102	2.72	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NE	C4	B	3102	3.85	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O4	B	3102	3.76	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O1	B	3102	3.9	van der Waals
B	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O3	B	3102	3.46	van der Waals
B	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O4	B	3102	3.69	van der Waals
B	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	C1	B	3102	3.58	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O1	B	3102	2.86	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O3	B	3102	3.34	H.Bond
B	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O4	B	3102	3.32	H.Bond
B	No SSE	124	ASN	CG	O3	B	3102	3.86	van der Waals
B	No SSE	124	ASN	OD1	O3	B	3102	3.94	H.Bond
B	No SSE	124	ASN	ND2	C2	B	3102	3.59	H.Bond
B	No SSE	124	ASN	ND2	O3	B	3102	2.99	H.Bond
B	No SSE	124	ASN	ND2	C3	B	3102	3.55	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O1	B	3102	3.63	van der Waals
B	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O2	B	3102	3.7	van der Waals
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	C1	B	3102	3.48	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O1	B	3102	2.75	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O2	B	3102	3.59	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	C1	B	3102	3.64	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O1	B	3102	3.64	H.Bond
B	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O2	B	3102	2.93	H.Bond
B	No SSE	182	HIS	CD2	O3	B	3102	3.47	van der Waals
B	No SSE	182	HIS	CE1	O1	B	3102	3.51	van der Waals
B	No SSE	182	HIS	CE1	O3	B	3102	3.69	van der Waals
B	No SSE	182	HIS	NE2	C1	B	3102	3.91	H.Bond
B	No SSE	182	HIS	NE2	O1	B	3102	3.44	H.Bond
B	No SSE	182	HIS	NE2	C2	B	3102	3.51	H.Bond
B	No SSE	182	HIS	NE2	O3	B	3102	2.69	H.Bond
B	201-224 H: 1	216	GLY	CA	C1	B	3102	3.84	van der Waals
B	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O1	B	3102	3.67	van der Waals
B	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O2	B	3102	3.42	van der Waals
B	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O4	B	3102	3.41	van der Waals
B	201-224 H: 1	216	GLY	C	O4	B	3102	3.55	van der Waals
B	201-224 H: 1	216	GLY	O	O4	B	3102	3.63	H.Bond
B	No SSE	228	SER	CB	O5	B	3102	3.97	van der Waals
B	No SSE	229	ALA	CB	O2	B	3102	3.77	van der Waals
B	Water	3405	HOH	O	O5	B	3102	2.57	H.Bond
B	Water	3528	HOH	O	O2	B	3102	2.51	H.Bond

3 / C

> Structure: LHLHLLH +2w
> Sequence: RRNRHGSA

MLT
/(3103)

> Graphics rep1:

> Graphics rep2:

> Graphics rep3:

Protein Chain	Prot SSE	Res Nbr	Res Name	RsAt.Name	LgAt.Name	Lg Chain	Lg Nbr	Bnd Len	Bnd Type
C	No SSE	86	ARG	CB	O5	C	3103	3.86	van der Waals
C	No SSE	86	ARG	CG	O5	C	3103	3.49	van der Waals
C	No SSE	86	ARG	CD	O5	C	3103	3.66	van der Waals
C	No SSE	86	ARG	NE	C4	C	3103	3.61	H.Bond
C	No SSE	86	ARG	NE	O4	C	3103	3.63	H.Bond
C	No SSE	86	ARG	NE	O5	C	3103	2.77	H.Bond
C	No SSE	86	ARG	CZ	O4	C	3103	3.66	van der Waals
C	No SSE	86	ARG	CZ	O5	C	3103	3.59	van der Waals
C	No SSE	86	ARG	NH2	C4	C	3103	3.58	H.Bond
C	No SSE	86	ARG	NH2	O4	C	3103	2.81	H.Bond
C	No SSE	86	ARG	NH2	O5	C	3103	3.54	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	CD	O3	C	3103	3.81	van der Waals
C	91-94 H: 5	92	ARG	NE	C2	C	3103	3.97	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O3	C	3103	2.83	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NE	C4	C	3103	3.87	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NE	O4	C	3103	3.6	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O1	C	3103	3.9	van der Waals
C	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O3	C	3103	3.58	van der Waals
C	91-94 H: 5	92	ARG	CZ	O4	C	3103	3.63	van der Waals
C	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	C1	C	3103	3.72	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O1	C	3103	2.92	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O3	C	3103	3.47	H.Bond
C	91-94 H: 5	92	ARG	NH2	O4	C	3103	3.31	H.Bond
C	No SSE	124	ASN	CG	O3	C	3103	3.94	van der Waals
C	No SSE	124	ASN	ND2	C2	C	3103	3.63	H.Bond
C	No SSE	124	ASN	ND2	O3	C	3103	2.96	H.Bond
C	No SSE	124	ASN	ND2	C3	C	3103	3.64	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O1	C	3103	3.58	van der Waals
C	152-168 H: 1	158	ARG	CZ	O2	C	3103	3.67	van der Waals
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	C1	C	3103	3.56	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O1	C	3103	2.79	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH1	O2	C	3103	3.67	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	C1	C	3103	3.52	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O1	C	3103	3.51	H.Bond
C	152-168 H: 1	158	ARG	NH2	O2	C	3103	2.82	H.Bond
C	No SSE	182	HIS	CD2	O3	C	3103	3.47	van der Waals
C	No SSE	182	HIS	CE1	O1	C	3103	3.46	van der Waals
C	No SSE	182	HIS	CE1	O3	C	3103	3.57	van der Waals
C	No SSE	182	HIS	NE2	C1	C	3103	3.97	H.Bond
C	No SSE	182	HIS	NE2	O1	C	3103	3.42	H.Bond
C	No SSE	182	HIS	NE2	C2	C	3103	3.63	H.Bond
C	No SSE	182	HIS	NE2	O3	C	3103	2.59	H.Bond
C	201-224 H: 1	216	GLY	CA	C1	C	3103	3.77	van der Waals
C	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O1	C	3103	3.52	van der Waals
C	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O2	C	3103	3.47	van der Waals
C	201-224 H: 1	216	GLY	CA	O4	C	3103	3.45	van der Waals
C	201-224 H: 1	216	GLY	C	O4	C	3103	3.52	van der Waals
C	201-224 H: 1	216	GLY	O	O4	C	3103	3.59	H.Bond
C	No SSE	228	SER	CB	C3	C	3103	3.93	van der Waals
C	No SSE	228	SER	CB	O5	C	3103	3.97	van der Waals
C	No SSE	228	SER	OG	C3	C	3103	3.91	van der Waals
C	No SSE	229	ALA	CB	O2	C	3103	3.53	van der Waals
C	Water	3509	HOH	O	O5	C	3103	2.6	H.Bond
C	Water	3729	HOH	O	O2	C	3103	2.35	H.Bond